Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska pozytywnie zaopiniowała projekt linii tramwajowej do Mistrzejowic. Projektanci i kierownictwo budowy dokładnie analizowali możliwość zachowania każdego drzewa, dlatego projektowanie trwało w sumie dwa lata. Uda się jednak zachować blisko 200 drzew, przede wszystkim w okolicy ul. Meissnera, które miały być usunięte.
Ostatecznie projekt zakłada, że w związku z inwestycją należy usunąć 1059 drzew. Badanie fitosanitarne wykazało, iż 60 proc. z nich ma defekty: mechaniczne uszkodzenia kory, susz, próchnicę, listwy mrozowe, ślady żerowania szkodników, znaczne odchylenia od pionu. Każde usunięte drzewo zostanie zastąpione nowym. Posadzone będą m.in. dęby pospolite i lipy drobnoliste, które są odporne na zanieczyszczenia, suszę, przemarzanie, zasolenie. Pojawi się także 10 308 mkw. krzewów, rabat i traw.
Wszystkie nasadzenia zostały zaplanowane tak, by w przyszłości zapewnić cień przechodniom, rowerzystom i pasażerom transportu publicznego. Pętla Mistrzejowice zmieni się całkowicie. Pomiędzy alejkami pojawi się kilkadziesiąt nowych drzew, odpowiednio dobrane krzewy i trawy. Rondo Młyńskie zostanie udekorowane kompozycją z klonów, róż i traw ozdobnych. Na rondzie Barei pojawi się łąka kwietna, dosadzone zostanie 8 nowych sadzonek robinii akacjowej, w pobliżu powstanie ogród deszczowy.
Projekt przewiduje wykonanie 4,2 km zielonego torowiska. Ułożone na nim zostaną z maty z rozchodnika, który nie wymagają podlewania ani koszenia. Na trasie powstanie 19 przystanków z zielonymi dachami o łącznej powierzchni 1900 mkw., co pozwoli retencjonować aż 4750 l itrów wody rocznie.