Krakowskie nagrody mają bardzo długą tradycję, są przyznawane od niemal półwiecza. Początkowo były wręczane sporadycznie, a od 1930 r. - systematycznie, z przerwą na czas II wojny światowej. Laureatami w ubiegłych latach bywały zarówno indywidualne osoby – jak dr hab. Andrzej Franaszek, Jerzy Illg, Michał Niezabitowski, Jan Kanty Pawluśkiewicz, Andrzej Sikorowski, Rafał Sonik, Sobiesław Zasada, oraz zespoły – m.in. zespół prof. Jacka Dubiela nagrodzony za wybitne osiągnięcia w zakresie kardiologii interwencyjnej czy zespoły językoznawców Uniwersytetu Jagiellońskiego, Zespół Biologii Chemicznej i Projektowania Leków za osiągnięcia w dziedzinie doświadczalnej immunochemicznej terapii przeciwnowotworowej. W ubiegłorocznej edycji laureatem został m.in. zespół ds. badań nad wirusem SARS-CoV-2.

Kandydatów do nagród mogą zgłaszać związki i środowiska twórcze, instytucje artystyczne, kulturalne, wydawnicze, szkoły wyższe i instytuty naukowo-badawcze, towarzystwa naukowe oraz inne organizacje. Laureatów – jak co roku – wyłoni powołana przez prezydenta Krakowa komisja, złożona w większości z profesorów krakowskich wyższych uczelni. Komisja przedstawi propozycje prezydentowi, który podejmie ostateczną decyzję. Wnioski o nagrody na urzędowych formularzach należy składać w kancelarii Magistratu do 4 sierpnia.