Dom przez lata był przedmiotem sporu między miastem a Związkiem Legionistów Polskich, który prowadził tu kontrowersyjne Muzeum Czynu Niepodległościowego. Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego zakazało działalności tej instytucji ze względu na rażące uchybienia, m.in. niewłaściwą troskę o zbiory i zasady funkcjonowania placówki. Decyzja została opatrzona rygorem natychmiastowej wykonalności, ale związek nie wydał eksponatów.
Po egzekucji administracyjnej eksponaty trafiły do budynku Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie przy ul. Orzeszkowej. Tam zaopiekowali się nimi eksperci z Muzeum Narodowego w Krakowie.
− O odzyskanie Domu im. Józefa Piłsudskiego miasto na drodze prawnej starało się od dawna. Wiedzieliśmy o złym stanie obiektu i chcieliśmy otoczyć to historyczne miejsce należytą opieką. Pomimo utrudnień realizowaliśmy działania remontowe w zakresie, który był możliwy. Zaizolowaliśmy fundamenty, wyremontowaliśmy dach, kominy i elewację, wymieniliśmy okna. Po ministerialnej interwencji i przekazaniu miastu kluczy, zleciliśmy opracowanie kompletu przeglądów stanu technicznego, co pozwoli nam zaplanować kolejne konieczne prace – mówi prezydent Krakowa Jacek Majchrowski.
W latach 2013–2022 łączne wydatki miasta na prace projektowe i remontowe w Domu im. Józefa Piłsudskiego wyniosły ponad 2,8 mln zł.
Wstępne rozmowy z Ministerstwem Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Muzeum Narodowym w Krakowie zakładają, że miasto pozostanie właścicielem budynku. Dalszy remont przeprowadzi muzeum, co pozwoli dostosować przestrzeń pod potrzeby przyszłej ekspozycji cennych pamiątek.
Długa droga prawna
Starania miasta o odzyskanie budynku rozpoczęły się w 2013 r., kiedy złożony został pozew przeciwko Związkowi Legionistów Polskich. W 2014 r. sąd wydał wyrok nakazujący wydanie nieruchomości, jednak Związek złożył apelację z powodu zasiedzenia. W 2019 r. sąd okręgowy uznał, że Związek Legionistów Polskich nie ma prawa do zasiedzenia. To prawomocne orzeczenie otworzyło drogę do wejścia do budynku oraz umożliwiło złożenie przez miasto wniosku do sądu o podjęcie postępowania o wydanie nieruchomości. W marcu 2020 r. sąd zobowiązał Związek Legionistów Polskich do wydania nieruchomości.